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Em 1986, a Lotus escolheu o escocês Johnny Dumfries como parceiro, sob o aval de Senna que vetou o inglês Derek Warwick sob a alegação de que a Lotus não tinha condições de manter carros competitivos para dois pilotos de ponta ao mesmo tempo. A nova Lotus 98T mostrou ser mais confiável em 1986 e a temporada começou bem para Senna, terminando em segundo, a corrida vencida pelo também brasileiro Nelson Piquet, numa dobradinha caseira, no GP do Brasil em Jacarepaguá. Reconhecendo estar com um carro inferior aos das Williams e McLaren, Senna passou a adotar uma estratégia de não parar para trocar pneus, buscando ficar na frente dos adversários o maior tempo possível. Com essa tática, ele passou a liderar o campeonato pela primeira vez na carreira, depois de vencer o GP da Espanha, em Jerez de la Frontera, no qual bateu a Williams de Nigel Mansell por 0,014s - uma das menores diferenças de chegada da história da F1. Todavia, a liderança do campeonato não foi mantida por muito tempo já que Senna abandonou diversas outras corridas por problemas mecânicos. A caça ao primeiro título mundial acabou sendo uma luta entre Prost e sua McLaren e a dupla Piquet e Mansell da Williams-Honda. Na Hungria, um circuito ainda mais travado (onde as ultrapassagens são mais difíceis), repetiu uma vez mais a estratégia, mas foi ultrapassado por Nelson Piquet. Ainda nesse ano, Senna se tornaria definitivamente um ídolo no Brasil ao conquistar sua segunda vitória na temporada no GP dos Estados Unidos, disputado em Detroit, e terminou o campeonato novamente na quarta colocação, com 55 pontos, oito poles e seis pódios.