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Em 1993, o finlandês assina contrato com a Sauber, que estrearia naquele ano, tendo como companheiro de cockpit o austríaco Karl Wendlinger. Na primeira corrida dele pela nova equipe, marcou dois pontos, os primeiros da história da Sauber na categoria. Ainda marcou pontos chegando em 4º em San Marino. 1994 foi o último ano de Lehto na F-1. Tendo assinado com a equipe Benetton, substituindo Riccardo Patrese para correr ao lado de Michael Schumacher. O finlandês acabou sofrendo um grave acidente durante teste em Silverstone, causando lesões na vértebra cervical, deixando-o de fora dos GPs do Brasil e do Pacífico. A estreia deu-se no fatídico GP de San Marino (morte de Ayrton Senna), onde nem chegou a largar - sua Benetton foi violentamente acertada pela Lotus de Pedro Lamy, o que ocasionou a entrada do safety car. Na ocasião, largaria em quinto, sua melhor posição de largada na F-1. Fora de forma, Lehto viu sua vaga ser tomada pelo holandês Jos Verstappen, que o substituíra nas duas primeiras provas da temporada. Regressaria no GP da Itália, mas acabaria demitido da Benetton após o GP de Portugal. Lehto ainda voltaria à Sauber no GP do Japão, mas a desmotivação tomou conta do piloto, que deixou a F-1 após chegar em décimo lugar na Austrália. Em sua carreira na Fórmula 1, J.J. Lehto marcou dez pontos e conquistou um pódio, com um 3º lugar no GP de San Marino de 1991, correndo pela equipe Itália.