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Na equipe Prost, Burti substitui o argentino Gastón Mazzacane, e tem como companheiro de equipe o francês Jean Alesi. Na corrida de estreia na nova equipe, na Espanha, chega mais uma vez fora da zona de pontuação, terminando a prova em 11º lugar. Na corrida seguinte, na Áustria, obtém mais uma vez o 11º lugar, o mesmo resultado do ano anterior. Abandona no Grande Prêmio de Mônaco. Depois, no Canadá, obtém outro 8º lugar, seu melhor resultado na categoria. Em Nürburgring, obtém o 10º lugar, e na França, terra natal da sua equipe e de seu companheiro de equipe, obtém o 12º lugar. A partir daí, começa uma série de abandonos que culminaria no abandono dele da Fórmula 1. Abandona na Inglaterra, na Alemanha e na Hungria. Em 2 de setembro, durante o Grande Prêmio da Bélgica, Burti sofreu um grave acidente. Perto da chicane que antecede a reta de chegada, Luciano Burti e Eddie Irvine batalhavam por uma posição. De repente, na curva Blanchimont, Eddie Irvine, ex-companheiro do brasileiro na Jaguar, fecha Luciano, que acerta a traseira do rival em cheio. O paulistano vai de encontro a barreira de pneus a cerca de 300 km/h. Burti ficou vários dias em coma. Burti foi substituído pelo tcheco Tomas Enge para as três últimas etapas da temporada. Nunca mais pilotou um Fórmula 1.