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Em 2006 perdeu seu derradeiro campeonato para Fernando Alonso, numa disputa acirrada com o espanhol, que mostrou que assim como Schumacher era um piloto muito rápido, constante e com raros erros naquela temporada. Superou a marca de pole positions de Senna e protagonizou, no Grande Prêmio de Mônaco, mais um acontecimento polêmico em sua carreira. Michael Schumacher parou sua Ferrari na saída da curva "Rascasse", provocando uma bandeira amarela no local e prejudicando teoricamente a volta de seu principal adversário, o espanhol Fernando Alonso. Apesar de conquistar a pole-position, os comissários decidiram, após quase oito horas de reunião e análise, que ele deveria ser punido, largando da última posição. Apesar da punição, no dia seguinte conseguiria acabar a corrida em quinto lugar em uma de suas mais impressionantes performances. Sua última corrida foi no Grande Prêmio do Brasil, realizado em Interlagos, São Paulo. Apesar de ter tido vários problemas com sua Ferrari, o alemão fez questão de brindar todos os fãs de Fórmula 1 com uma das suas mais inesquecíveis corridas, realizando uma série de brilhantes ultrapassagens que o levaram a um quarto lugar final. Michael Schumacher se aposentou da Fórmula 1 conquistando praticamente todos os mais importantes recordes da categoria. O ano de 2006 foi a última temporada de Schumacher, e foi, segundo muitos especialistas, uma de suas melhores temporadas. Tanto ele como Alonso tiveram problemas mecânicos durante o campeonato, e a vantagem em desempenho do carro Renault no início de 2006 foi revertida em favor da Ferrari após polemicamente a FIA banir os amortecedores de massa utilizados pela Renault. No final ambos tiveram equipamento relativamente equilibrado para disputar o campeonato que só foi decidido em Interlagos. Código universal: 027084311938