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Em 1965, a Honda contrata Ginther para desenvolver o seu carro de Fórmula 1. O norte-americano consegue vencer no GP do México, a última corrida na categoria de 1.5 litros. Foi sua única vitória e a primeira da equipe japonesa. No ano seguinte, a Honda decide somente aparecer no final do ano com o seu motor de V12 de 3 litros, e Ginther decide correr três provas pela Cooper, conseguindo um 5º lugar na Bélgica. Quando a Honda volta, é quarto no México e consegue a volta mais rápida. Contudo, a Honda decide contratar John Surtees em 1967 e Ginther vai para a Eagle, de Dan Gurney, mas após um incidente durante o GP do Mónaco, onde sofre queimaduras nas costas, decide abandonar a categoria. Na carreira, conquistou mais 13 pódios, 4 pela Ferrari e 9 pela BRM, onde foi o 3º melhor da temporada em 1963.