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Em 2006, Rubens passou por uma período de adaptação na equipe Honda tendo, no início da temporada, resultados inferiores aos de seu companheiro de equipe o britânico Jenson Button. No decorrer da temporada as performances dos pilotos acabaram por se igualar, com supremacia de um ou de outro, dependendo do circuito. Isso aconteceu até o GP dos Estados Unidos, quando Barrichello empatou com Button no campeonato, somando 16 pontos. Mas na segunda metade do campeonato, o inglês foi bem superior. Button venceu 1 corrida, conseguiu outro pódio e somou 40 pontos, enquanto o brasileiro somou apenas 14, ficando atrás por 56x30, em pontos, no campeonato.