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Depois de sua melhor temporada, correndo pela Tyrrell, Modena teve a chance de correr pela Jordan, ao lado do brasileiro Maurício Gugelmin. Com um carro ruim, marcou o único ponto da equipe na temporada, na última prova do ano, o Grande Prêmio da Austrália, quando acabou encerrando a carreira. Das 70 corridas que largou, Modena conseguiu dois pódios - um 3º lugar em Mônaco, em 1989, pela Brabham, e um 2º lugar no Canadá, em 1991, pela Tyrrell. Correu cinco temporadas completas.